L'Evangelion Unité-04 est la cinquième Evangelion terminée et le troisième Modèle de Production. L'Unité-04 est l'une des deux unités construites aux Etats-Unis. La seconde branche de la NERV (la NERV-2) est détruite avec l'Unité-04 dans l'épisode 17 quand le Moteur S² de l'Eva a échoué son activation. Une Mer de Dirac s'est alors développée et enveloppé la Seconde Branche. Il est dit que cet échec du Moteur S² est le résultat d'un accident, pas d'un sabotage. Après cela, les Etats-Unis ont immédiatement envoyé l'Unité-03 au Japon.
Même si elle n'est jamais vu à l'écran, Gainax a parfois sorti des produits dérivés autour de cette unité. Elle est montrée comme ayant une armure argenté et physiquement semblable à L'Unité-03. Comme les autres Modèles de Production, elle utilise un torse avec cinq plaques et des épaulières pouvant stocker des choses. Son unique ajout est son Moteur S², dont il est supposé qu'il a été conçu à partir de celui récupéré sur les restes de Shamshel.
L'Unité-04 n'a pas de pilote désigné. Une hypothèse raisonnable est que l'un des élèves de la classe 2-A est était le pilote. Sinon, en assumant que la technologie ait été suffisamment améliorée, l'Unité-04 aurait pu être équipée d'une Dummy Plug au lieu d'un pilote humain, comme les Evangelions Produites en Série.
