Après la défaite du Sixième Ange, l'Evangelion Mark.06 est montrée sans son armure, toujours en construction sur la base lunaire de Tabgha. Elle est devant une série de cercueil. Kaworu Nagisa, son pilote désigné, se lève de l'un d'eux.
Lors de la visite de la Base de Tabgha par Gendo Ikari et Kozo Fuyutsuki, ils observent que le processus de construction de l'Evangelion Mark.06 est inhabituel et que la SEELE la construite en secret pour faire avancer ses projets d'après les Manuscrits de la Mer Morte. Keel Lorenz se réfère au Mark.06 comme la véritable Evangelion, pour jouer un rôle dans l'accomplissement de l'alliance avec Lilith. Fuyutsuki pense que la SEELE veux créer un véritable "dieu", pas juste un faux.
L'Evangelion Mark.06 est sortie pour la première fois en secret depuis la base lunaire juste avant l'attaque du Dixième Ange sur Tokyo-3. Elle arrive au début du Third Impact et lance la Lance de Cassius sur l'Evangelion Unité-01, transperçant son core et mettant fin au Third Impact.
A un moment donné, entre les 14 ans qui séparent Evangelion: 2.0 et Evangelion: 3.0 You Can (Not) Redo, le Mark.06 a été modifié en une Unité Type Indépendante. Mais l'utilisation abusive de l'Unité la mena à sa perte.
Dans Evangelion: 3.0, le Mark.06 a fusionné avec le cou de Lilith, remplaçant sa tête originale qui est maintenant dans le Centre de Commandement en ruine du Quartier Général de la NERV. Le Mark.06 semble beaucoup plus grand, couvert d'une substance blanche tout en étant dans une animation suspendue, empalé par deux Lances de Longinus. Kaworu pense pourtant qu'elle devait être transpercée par deux Lances différentes dont la Lance de Cassius.
Après que l'Evangelion Unité-13 est retirée les Lances, l'Evangelion Mark.06 est libérée et retourne à sa taille normale quand le corps de Lilith explose dans une gerbe de sang, la tuant. L'Evangelion Mark.09 avait pour ordre de décapiter le Mark.06, ce qui libère le Douzième Ange de son corps. L'Evangelion Mark.06 n'est plus revue après ça et son état est incertain.
L'armure finale de l'Evangelion Mark.06 est bleue sombre avec des détails jaunes. Le casque à cornes, qui ressemble à celui de l'Evangelion Unité-01, possède une visière rouge. L'Entry Plug semble pouvoir fournir au pilote à grand champ de vision. L'Evangelion a montré qu'elle pouvait léviter en arborant un halo angélique, et possède -d'après le dialogue entre la SEELE, Gendo Ikari et Kozo Fuyutsuki, des capacités extrêmement puissantes. Le Mark.06 ne possède pas de source d'alimentation externe, ce qui implique qu'elle possède sa propre source d'énergie.
L'Evangelion Mark.06 a été construite à la Septième Branche de la NERV, sur la Base lunaire de Tabgha. Elle apparaît d'abord incomplète, avec son corps couvert d'une matière blanche caoutchouteuse,[2] et un masque violet recouvrant son visage et arborant le logo de la SEELE avec deux trous noires au sommet. Depuis ses trous découlent une marque plus claire, comme des larmes sur le masque. La morphologie de la tête et du cou est très similaire à Lilith, même si le corps, avec ce qui semble âtre un Core visible sous la fibre blanche, est plus proche d'une Evangelion normale.
Plus tard, la couverture blanche est retirée et l'Eva revêt son armure. La peau exposée sur la tête est gris foncé tandis que le corps couvert d'une fibre sombre qui ressemble à des tissus musculaires. Le masque reste sur son visage, mais il semble légèrement modifier avec le logo de la SEELE prenant plus de place et la disparition des "pleurs" sous les trous. La partie centrale du masque, à peu près où les yeux seraient, est cachée par une couverture provisoire fermement maintenue par des fils externes quand le casque final est fixé.
